作品概要

地球侵略のために巨大怪物体を送り込むキトラルザスに対して、新幹線超進化研究所は様々なシンカリオンを開発して対抗する。
その運転士として選ばれた速杉ハヤトは、仲間たちと共にシンカリオンに搭乗し、キトラルザスとの戦いを終結へと導いた。
その半年後、新たな敵が宇宙から地球に訪れる。
ハヤトは旅行先で敵の襲撃に遭い、ハヤトの父・ホクトは行方不明になる。そこに光の粒子に包まれて現れたのは９歳の「少年ホクト」だった。
過去からきた少年ホクトは、ハヤトと少しずつ心を通わせていき、最新の技術で開発された「シンカリオン ＡＬＦＡ-Ｘ」の運転士となる。
全ての謎を解明すべく少年ホクトと共に戦うハヤトは、敵であるヴァルハランがかつて地球に住んでいた種族であり、その目的が地球の奪還であることを知る。
ヴァルハランの野望を阻止すべく戦うハヤト達だったが、彼等は光の機械神・ヴァルドルを起動させる。