作品概要

皇暦２０１０年。
超大国「神聖ブリタニア帝国」は日本へ侵攻し、人型兵器「ＫＭＦ（ナイトメアフレーム）」による圧倒的な戦力差でその全土を属領とした。
「エリア１１」と呼ばれた日本に住むルルーシュは、謎の少女Ｃ．Ｃ．と契約し、他人に命令を強制する力を持つ「ギアス」を与えられる。
ブリタニア帝国の第１１皇子でありながら、政治の道具として利用した帝国に憎しみを抱くルルーシュは、天才的な知略とギアスの力を利用し、仮面の男「ゼロ」としてレジスタンス組織「黒の騎士団」を結成。日本独立を掲げ、妹ナナリーの平穏と自らの復讐のためにブリタニア帝国に対し反逆の戦いを始めた。
かつてのルルーシュの親友で今は帝国の一員の枢木スザクが立ちふさがるも、協力者達を集めて勢力を拡大する黒の騎士団は、連合国家「超合衆国」を建国。
やがてルルーシュは、父シャルルと意識体となった母マリアンヌの真の目的を知り、世界を作り変えようとするその野望を砕き、自らの復讐を終える。
全てを知って同志となった枢木スザクとＣ．Ｃ．らの協力の下、ルルーシュはブリタニア帝国を乗っ取り、皇帝ルルーシュ・ヴィ・ブリタニアとして即位。
ブリタニアの体制を全て破壊し、黒の騎士団と手を組んだシュナイゼルを倒して世界を征服後、暴虐の限りを尽くして世界中の憎しみを集めた。
そして、世界中の人達が注目するパレードで、ゼロに扮したスザクに討たれる。
世界征服からゼロ（＝スザク）による粛清までの全ては、ルルーシュが自らの生命を犠牲とした計画「ゼロレクイエム」であった。
悪の象徴となったルルーシュが討たれた事で、世界は憎しみから解放されて新しい時代を迎えた。
ゼロレクイエムから１年後の光和２年。
世界は超合衆国を中心に再編成され、平和な時が流れていた。
しかし、難民キャンプの視察に訪れていた世界人道支援機関名誉顧問ナナリーと黒の騎士団の首席顧問ゼロ（＝スザク）が、正体不明の武装勢力に拉致されるという事件が発生。
事件解決のため、「戦士の国」と呼ばれるジルクスタン王国に潜入したカレン達は、そこで謎のギアス使いに襲撃される。
その場には、生命を落としたはずのルルーシュとＣ．Ｃ．の姿があった。