作品概要

宇宙世紀００９７年。
「ラプラスの箱」の開示から１年が経過し、その最後の戦いで人智を越える力を見せた２機のユニコーンガンダムは封印され、人々の意識から忘れ去られるは
ずだった。
しかし、実験事故以降に消息不明となっていたユニコーンガンダム３号機（通称フェネクス）が再び姿を現した事で状況は一変。地球連邦軍がフェネクスの捕獲作戦「不死鳥狩り」を実行する中、ジオン共和国も同様の目的のために秘密裏に第３次ネオ・ジオン紛争で壊滅した「袖付き」残党に偽装した部隊を動かしていた。
その中、ジオン公国のコロニー落としを予言して多くの人を救った事で「奇蹟の子供たち」と呼ばれていた三人の子供の一人、ヨナ・バシュタ少尉は、ルオ商会のミシェル・ルオの指揮の下で「不死鳥狩り」に参加する。