作品概要

宇宙世紀００９３年。
グリプス戦役以降、行方不明となっていたシャア・アズナブルがネオ・ジオンの総帥に就任した。
宇宙移民を抑圧して地球にしがみつく人類を粛清するため地球連邦に宣戦布告したシャアは、小惑星５ｔｈルナを地球に落下させようとする。アムロの所属す
る連邦軍の外郭部隊ロンド・ベルは、その阻止に奮戦するも、５ｔｈルナは地球に落下してしまう。
その後、シャアは地球政府高官と裏取引を行い、ネオ・ジオンの武装解除を条件に、かつてのネオ・ジオンの小惑星要塞アクシズを手に入れる。しかし、シャ
アはその協定を破り、今度はアクシズを地球に衝突させるべく行動を開始する。
その作戦を阻止するため、そしてシャアとの決着をつけるため、アムロは最新鋭モビルスーツ・νガンダムに搭乗し、アクシズを目指す。
アクシズ上で激突するアムロとシャア。
アムロは勝利するものの、ロンド・ベルは地球に落下していくアクシズの破壊に失敗する。
既に大気圏に突入しつつあったアクシズを食い止めるため、アムロはνガンダムでアクシズに取りつき、これを押し返そうとする。
νガンダムから発せられたサイコ・フレームの光はアクシズの落下を防ぎ、その温かな光は目撃した人達の心に何かを残していく。
この戦いでアムロとシャアは共に行方不明となり、歴史から姿を消すのであった。