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宇宙世紀0093年。
格里普斯戰役後就失蹤的夏亞・阿茲納布爾成為新吉翁的總帥。
為了肅清受到地球束縛的人類，夏亞向地球聯邦宣戰，並且準備讓小行星月神五號墜落到地球。
雖然阿姆羅隸屬的聯邦軍外部部隊隆德・貝爾努力奮戰試圖阻止，但月神五號依然墜落地球。
接著，夏亞與地球政府高官暗中交易，以新吉翁解除武裝為條件，取得了曾屬於新吉翁的小行星要塞阿克西斯。
然而夏亞撕毀了協約，開始進行用阿克西斯撞擊地球的作戰。
為了阻止該作戰，同時也為了與夏亞分出勝負，阿姆羅駕駛最新銳的MS・ν鋼彈前往阿克西斯。
阿姆羅與夏亞在阿克西斯上發生激烈衝突。
雖然阿姆羅取得了勝利，但隆德・貝爾卻沒能成功破壞往地球墜落的阿克西斯。
為了阻止已經衝入大氣層的阿克西斯，阿姆羅駕駛ν鋼彈緊抓住阿克西斯，試圖將它推回宇宙。
從ν鋼彈發出的精神感應框體之光阻止了阿克西斯墜落，而那道溫暖的光芒也在目擊者們的心中留下了某些東西。
阿姆羅與夏亞一同在這場戰役中失蹤，從歷史的舞台上消失。