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宇宙世纪0093年。
格利普斯战役后失踪的夏亚・阿兹纳布尔成为了新吉翁的总元帅。
为了肃清死守地球、压迫宇宙移民的人类，夏亚向地球联邦宣战，并企图将小行星月神Ⅴ砸向地球。尽管阿姆罗隶属的联邦军外围部队隆德・贝尔拼命阻止，月神Ⅴ还是坠落到了地球上。
之后夏亚与地球政府高官进行地下交易，以解除新吉翁武装为条件，想得到过去新吉翁的小行星要塞阿克西斯。
然而，夏亚在达成目的后便撕毁双方协定，又将阿克西斯砸向地球。
为了阻止夏亚并与他做个了断，阿姆罗驾驶最新型MS「ν高达」飞往阿克西斯。
阿姆罗与夏亚在阿克西斯展开了激烈的战斗。
尽管他赢得了战斗，但隆德・贝尔却未能成功摧毁即将坠落地球的阿克西斯。
为阻止已经进入大气层的阿克西斯进一步下落，阿姆罗驾驶ν高达抵住阿克西斯，试图将它推回宇宙。
最终ν高达精神感应框体发出的光辉阻止了阿克西斯坠落，而目睹了这道温暖光辉的人们内心也有所感触。
阿姆罗和夏亚在这场战役后不知所踪，从此消失在历史长河之中。