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宇宙世纪（Universal Century, U.C.）0087年。
地球联邦军与吉翁公国军战斗并取得胜利的一年战争后，又过去了七年的时光。
地球联邦军内的新兴精锐部队提坦斯采取强硬手段镇压着居住在殖民地和月面上的宇宙居民。为了反抗不断扩张势力的提坦斯，人们组成了反地球联邦组织奥古。
昔日吉翁公国的王牌驾驶员，受到联邦畏惧，被称为「红色彗星」的夏亚・阿兹纳布尔也化名克瓦特罗・巴吉纳，加入了该组织。
在奥古攻击提坦斯的据点「殖民地・绿洲」时，受战事牵连的少年卡缪・维丹或许是为反抗提坦斯，加入了奥古。
卡缪成为驾驶员，投身到与提坦斯的战斗中，并逐渐显露出成为新人类的潜质。正当奥古与提坦斯打得难舍难分之时，吉翁残党也参与其中，形成了三方会战的局面。
奥古为突破困境，计划发射己方收缴的殖民卫星镭射炮。为阻止此事，提坦斯的帕普提马斯・西罗克和阿克西斯的哈曼・卡恩出动，与卡缪和克瓦特罗展开激烈的战斗。
最终，殖民卫星镭射炮成功发射，奥古赢得了胜利。
这场造成巨大牺牲的战争日后被人们称为「格利普斯战役」。
然而，克瓦特罗在与哈曼的交战中失踪，而卡缪虽然险胜西罗克，精神却在西罗克临死前的最后一击下崩溃。