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우주세기 0093년.
그리프스 전역 이후 행방불명 상태였던 샤아 아즈나블이 네오 지온의 총수로 취임한다.
우주 이주민을 억압하고 지구에 매달리는 인류를 숙청하기 위해 지구연방에 선전포고를 한 샤아는 소행성 5th 루나를 지구에 낙하시키려고 한다. 아무로가 소속된
연방군 외곽 부대 론도 벨이 이를 저지하려고 분전하지만 결국 5th 루나는 지구로 낙하하고 만다.
그 후, 샤아는 지구연방 정부의 고관과 뒷거래를 해 네오 지온의 무장해제를 조건으로 과거 네오 지온의 소행성 요새였던 액시즈를 손에 넣는다. 그러나 샤아는 그
협정을 깨고 이번엔 액시즈를 지구에 충돌시키기 위한 행동을 개시한다.
아무로는 샤아의 작전을 저지하고 결판을 내기 위해 최신예 모빌슈트인 ν건담에 탑승하여 액시즈로 향한다.
액시즈에서 격돌한 아무로와 샤아.
아무로는 이 싸움에서 승리하지만 론도 벨은 지구로 낙하하는 액시즈 파괴에 실패하게 된다.
대기권으로 돌입해버린 액시즈를 막아내기 위해, 아무로는 ν건담으로 액시즈에 달라붙어 이를 밀어내려고 한다.
ν건담에게서 나온 사이코 프레임의 빛이 액시즈 낙하를 막아내고 그 따스한 빛을 목격한 사람들의 마음에 무언가를 남기게 된다.
이 전투에서 아무로와 샤아는 행방불명되어 역사에서 모습을 감추게 된다.