「戰術・區域・選擇」是本作的全新系統，玩家可在多個區域中任意選擇，根據選擇會有不同的故事展開以及不同的機體、登場人物的取得順序。此外，可透過特定區域的任務賺取資金或經驗值。
家用主機遊戲《超級機器人大戰》系列首次搭載「AUTO戰鬥」。地圖上可自動進行機體移動及戰鬥，便於賺取資金或經驗值。使用AUTO戰鬥時，畫面右下角會顯示「AUTO」。使用「AUTO戰鬥」時，我方單位的AI思考類型可以至「AUTO類型」選單個別設定。
