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宇宙世紀0087年。
距地球聯邦軍戰勝吉翁公國的一年戰爭走過了７年的歲月。
自聯邦軍內興起的精英部隊迪坦斯採取強硬手段鎮壓居住殖民地和月球上的宇宙居民。
不滿迪坦斯勢力擴張的分子組成了反地球聯邦組織幽谷。
參加此組織的人，還包括昔日吉翁公國的王牌駕駛員，那位受到聯邦畏懼，稱為「紅色彗星」的夏亞・阿茲納布爾，此時化名克瓦特羅・巴吉納。
當幽谷攻擊迪坦斯的據點「殖民地・綠洲」時，遭到這場戰事牽連的少年卡密兒・維丹因為不滿迪坦斯而加入幽谷。
成為駕駛員與迪坦斯交戰的卡密兒就此逐漸綻放新人類的資質。
整個戰局在吉翁軍殘黨阿克西斯加入幽谷與迪坦斯的戰爭下，形成三方會戰的局面。
幽谷為了要突破困境，計畫使用己方拿下的殖民地雷射砲。
迪坦斯的帕普提瑪斯・西羅克和阿克西斯的哈曼為阻止發射而出動，並與卡密兒和克瓦特羅展開激戰。
最後殖民地雷射砲成功發射，這場日後稱為「格里普斯戰役」的戰爭就在付出了重大犧牲下，由幽谷獲得了勝利。
然而克瓦特羅在與哈曼交戰中失蹤，而卡密兒雖然也在激戰中打贏西羅克，但其精神卻在西羅克的臨死掙扎下崩潰。