「战术・区域・选择」是本作的全新系统，玩家可在多个区域中任意选择，根据选择会有不同的故事展开以及不同的机体、登场人物的取得顺序。此外，可透过特定区域的任务赚取资金或经验值。
家用主机游戏《超级机器人大战》系列首次搭载「自动战斗」。地图上可自动进行机体移动及战 斗，便于赚取资金或经验值。使用自动战斗时，画面右下角会显示「AUTO」。使用「自动战 斗」时，我方单位的AI思考类型可以至「AUTO类型」选单个别设定。
