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十年前，兜甲儿驾驶超级机器人「魔神Z」打败了邪恶的科学家地狱博士，拯救了人类。
其后，他放弃驾驶员的身份，成为了一名研究者。
比起恋人沙也加，甲儿更重视自己的研究，在调查富士山地下发现的巨大遗迹INFINITY时，他遇见了遗迹里出现的神秘人造人莉莎。
此时，与复活的机械兽军团战斗的剑铁也却和「大魔神」一起失踪了，为了从再次逼近的邪恶魔掌中拯救世界，甲儿再次决意参加战斗。