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皇历2010年。
超级大国「神圣布里塔尼亚帝国」侵略日本，凭借着人型武器「KMF（KnightmareFrame）」的压倒性优势占领了整个日本。
住在改称为「十一区」的日本，鲁路修因缘际会下与神秘少女C.C.缔结契约，获得了能够强制命令他人的「GEASS」。
鲁路修是布里塔尼亚的第十一皇子，却憎恨着将自己视为政治工具的帝国。
靠自身的天才智谋与GEASS的力量，他化身为面具男「ZERO」，成立反抗组织「黑色骑士团」。
为了让妹妹娜娜莉过上安稳的生活，以及实现自己的复仇计划，他打着日本独立的旗号，开始了对布里塔尼亚的反叛之战。
虽受到了曾是鲁路修的挚友，现为帝国一份子的枢木朱雀的百般阻挠，黑色骑士团依旧聚集了许多合作者并拓展势力，建立起了联合国家「超合众国」。
最后，鲁路修知晓了父亲查尔斯与化为意识体的母亲玛莉安娜的真正目的，他粉碎了父母意图重塑世界的野心，终结了自己的复仇行动。
枢木朱雀在得知所有内情后，成为了鲁路修的伙伴。
在他与C.C.等人的协助下，鲁路修成功夺取布里塔尼亚的皇位，即位成为皇帝鲁路修・Vi・布里塔尼亚。
在破坏布里塔尼亚的所有体制，打败与黑色骑士团联手的修奈泽尔并征服了世界以后，鲁路修暴虐至极，令全世界人对他恨之入骨。
其后，在万众瞩目的游行车队上，他死于朱雀扮演的ZERO手中。
从征服世界到遭受ZERO（朱雀）制裁，所有一切都是鲁路修不惜牺牲自身性命所策划的「零之镇魂曲」。
由于被世人视为邪恶象征的鲁路修死去，世界从憎恨中解脱，迎接了新时代的来临。
时值光和二年，距离ZERO镇魂曲已过了一年。世界以超合众国为中心得到重组，迎来了和平的时光。
然而，去视察难民营的世界人道支援机关名誉顾问娜娜莉和黑色骑士团首席顾问ZERO（朱雀）遭到不明武装势力绑架。
为解决这起事件，卡莲等人潜入被称为「战士之国」的吉尔库斯坦王国，却在那里遭到未知GEASS使用者的攻击。
袭击现场更出现了本应死亡的鲁路修还有C.C.的身影。