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宇宙世纪0097年。
自「拉普拉斯之盒」公开后已经过了一年，在最终战役中发挥出超越人智力量的两架独角兽高达被封印，原本应该逐渐被群众所淡忘。
然而，在实验发生事故后就下落不明的独角兽高达3号机（通称菲尼克斯）再次现身，导致局势发生了巨大的变化。
在地球联邦军执行「狩猎不死鸟」捕捉计划的过程中，吉翁共和国也为了同样的目的，暗中将部队伪装成在第三次新吉翁动乱中覆灭的「带袖的」残党开展行动。
在此背景下，过去曾预言过吉翁公国会发生殖民地坠落，拯救了无数生灵的三名「奇迹之子」之一——乔纳・巴修塔少尉，在罗氏商会的米谢儿・罗的指挥下参与了「狩猎不死鸟」计划。