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10년 전에 슈퍼로봇 「마징가Z」에 탑승하여 사악한 과학자인 Dr.헬로부터 인류를 구했던 카부토 코우지는 파일럿을 그만두고 연구자가 되어 있었다.
연인인 사야카보다 연구를 우선하는 코우지는 후지산 지하에서 발견된 거대 유적 인피니티를 조사하던 도중 유적 안에서 나타난 수수께끼의 안드로이드 리사와 조우
한다.
되살아난 기계수 군단과 전투를 벌이던 츠루기 테츠야가 「그레이트 마징가」와 함께 실종되는 가운데, 코우지는 또다시 다가오는 악의 손아귀로부터 세상을 구하기
위하여 다시금 결의를 다진다.