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황력 2010년.
초강대국 「신성 브리타니아 제국」은 인간형 병기 「KMF(나이트메어프레임)」에 의한 압도적인 전력 차이를 바탕으로 일본을 침공, 전토를 속령으로 삼았다.
「에어리어 11」이라 불리게 된 일본에 거주하던 를르슈는 수수께끼의 소녀 C.C.와 계약하여, 자신의 명령을 따르도록 강제하는 힘을 가진 「기아스」를 부여받는다.
신성 브리타니아 제국의 제11황자인 자신을 정치 도구로써 이용한 제국을 증오한 를르슈는 천재적인 지략과 기아스의 힘을 이용하여 가면을 쓴 남자 「제로」로서
레지스탕스 조직인 「흑의 기사단」을 결성한다. 일본 독립의 기치를 내걸고 여동생 나나리의 평온과 자신의 복수를 위해서 브리타니아 제국에 반역을 개시한다.
예전에는 를르슈의 친구였으나 지금은 제국의 일원이 된 쿠루루기 스자쿠가 그들을 막지만, 흑의 기사단은 협력자를 모으고 세력을 확대하여 연합국가 「초합집국」을
건국한다.
이윽고 를르슈는 아버지 샤를과 의식체가 된 어머니 마리안느의 진정한 목적을 알게 되고, 세계를 다시 만들려는 야망을 저지하며 자신의 복수를 끝낸다.
를르슈는 모든 사실을 알고 동지가 된 친구 쿠루루기 스자쿠와 C.C.의 협력을 받아 브리타니아 제국을 강탈하여 황제 를르슈 비 브리타니아로서 즉위한다.
브리타니아의 체제를 전부 파괴하고 흑의 기사단과 손을 잡은 슈나이젤을 쓰러뜨려 세계를 정복한 뒤 폭정을 일삼아 세계의 증오를 자신에게 모았다.
그리고 전 세계 사람들이 주목하던 퍼레이드에서 제로로 분장한 스자쿠의 손에 의해 처단당한다.
세계정복부터 제로(=스자쿠)에게 숙청당하기까지의 일들은 전부 를르슈가 자신의 목숨을 희생할 것을 전제로 한 계획인 「제로 레퀴엠」이었다.
악의 상징이 되었던 를르슈의 처단으로, 세계는 증오에서 해방되어 새로운 시대를 맞이하게 된다.
제로 레퀴엠으로부터 1년이 지난 광화 2년.
세계는 초합집국을 중심으로 재편되어 평화로운 시기를 보내고 있었다.
하지만 난민 캠프를 시찰하러 온 세계 인도 지원 기관 명예 고문인 나나리와 흑의 기사단의 수석 고문 제로(=스자쿠)가 정체불명의 무장 세력에게 납치당하는 사건이
발생한다.
사건 해결을 위해 「전사의 나라」라 불리는 지르크스탄 왕국에 잠입한 카렌 일행은 의문의 기아스 사용자에게 습격당한다.
그곳에는 목숨을 잃었다고 여겨졌던 를르슈와 C.C.가 있었다.