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우주세기 0097년.
「라플라스의 궤」공개로부터 1년 뒤, 마지막 싸움에서 인간의 이해를 넘은 힘을 보인 두 유니콘 건담은 봉인되어 사람들의 의식 속에서 사라져 가고 있었다.
하지만 실험 사고 이후로 행방불명됐던 유니콘 건담 3호기(통칭 페넥스)가 다시금 모습을 드러냄으로써 상황이 급변. 지구연방군이 페넥스 포획 작전 「불사조 사냥」을
실행하는 한편, 지온 공화국도 같은 목적으로 제3차 네오 지온 분쟁에서 궤멸한 「소데츠키」 잔당으로 위장한 부대를 비밀리에 움직이고 있었다.
그 와중에, 지온 공국의 콜로니 낙하를 예언하여 많은 사람을 구함으로써 「기적의 아이들」이라 불렸던 세 아이들 중 한 사람인 요나 바슈타 소위는 루오 상회의 미셸
루오 지휘하에 「불사조 사냥」에 참가한다.