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10年前搭乘「鐵甲萬能俠」打敗邪惡科學家地獄博士，拯救人類的杜劍龍，放棄了駕駛員的身分而成為研究者。
比起戀人靜文更以研究為優先的劍龍，在調查富士山地下發現的巨大遺跡無極魔神時，遇見從遺跡裡出現的神祕人造人莉莎。
此時與復活的機械獸軍團戰鬥的康定邦，卻和「鐵甲萬能俠2號」一起失蹤了，為了從再次逼近的邪惡魔掌中拯救世界，劍龍決心再次投身戰火。