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不明的能源「蓋特線」自宇宙彼方飛來。
在早乙女博士等科學家如火如荼研究蓋特線時，不明宇宙生命體「侵略者」進軍侵犯地球。
這些侵略者由於運用了蓋特線的超級機器人「蓋特機器人」等等的活躍而成功驅逐。
但是蓋特小隊的隊長流龍馬因謀殺早乙女博士的罪名而被捕入獄。
３年後。在之前的戰爭中應該已經絕跡的侵略者再次出現地球，同時原本與之同時遭到殺害的早乙女博士也復活，率領蓋特Ｇ軍團叛攻人類。
入獄的龍馬為了報仇，再次坐上蓋特機器人挺身面對蓋特Ｇ軍團，但是蓋特Ｇ在戰鬥中合體成為真飛龍，國際機密聯盟為了除掉真飛龍而發射了氘核飛彈，龍馬一行人為了阻止飛彈便以新的蓋特機器人「真蓋特」出擊。