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皇曆2010年。
超級大國「神聖不列顛尼亞帝國」侵略日本，藉人型兵器「KMF（Knightmare Frame）」帶來的壓倒性優勢將日本全國納為屬地。
魯魯修住在改稱為「11區」的日本，他在因緣際會之下與神祕的少女C．C．締結契約，獲得能夠強制命令他人的「Geass」。
魯魯修雖是不列顛尼亞帝國的第11皇子，卻深深憎恨將自己視為政治道具的帝國。
他憑藉自身的天才智謀與Geass的力量，化身為戴著面具的男人「ZERO」，成立反抗組織「黑色騎士團」。
他打著日本獨立的口號，為帶給妹妹娜娜莉安穩的生活以及實現自己的復仇計畫，開始了對不列顛尼亞帝國的反叛之戰。
儘管受到曾是魯魯修的摯友，現為帝國的一份子的樞木朱雀百般阻撓，黑色騎士團依舊聚集了許多協助者並拓展勢力，建立起聯合國家「超合眾國」。
最後，魯魯修知曉了父親查爾斯與化為意識體的母親瑪莉安娜的真正目的，他粉碎父母意圖再造世界的野心，結束自己的復仇行動。
樞木朱雀在得知所有內情以後，成了魯魯修的同志。
在他與C．C．等人的協助下，魯魯修成功篡奪不列顛尼亞帝國的皇位，以皇帝魯魯修・Vi・不列顛尼亞的身分君臨天下。
在破壞不列顛尼亞的所有體制，打敗與黑色騎士團聯手的修奈傑爾，征服了世界以後，無數的暴虐惡行令全世界的人民對他恨之入骨。
之後，在萬眾矚目的遊行車隊上，死於朱雀扮演的ZERO手中。
從征服世界到遭受ZERO（＝朱雀）制裁，一切都是魯魯修不惜自身性命所策劃的「ZERO鎮魂曲」。
由於世人視為邪惡象徵的魯魯修死去，世界從憎恨中解脫，迎接新時代的到來。
時值光和2年，距離ZERO鎮魂曲已過了一年。
世界以超合眾國為中心進行改組，迎來了和平的時光。
然而，前去視察難民營的世界人道支援機構名譽顧問娜娜莉以及黑色騎士團首席顧問ZERO（＝朱雀），遭到不明武裝勢力綁架。
為解決這起事件，卡蓮等人潛入被稱為「戰士之國」的吉爾庫斯坦王國，卻受到未知的Geass使用者攻擊。
而在襲擊的現場，他們看到了理應死亡的魯魯修還有C．C．的身影。