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宇宙世紀0097年。
自公開「拉普拉斯之盒」以後過了一年，在最終戰役發揮出超越人智力量的兩架獨角獸高達受到封印，理應自群眾的腦海中逐漸被淡忘。
然而，在實驗意外後就下落不明的獨角獸高達3號機（通稱鳳凰）再次現身後，現況徹底被顛覆了。正當地球聯邦軍執行捕捉作戰「狩獵不死鳥」之時，
自護共和國也為了同樣的目的，暗中將部隊偽裝成在第三次新自護紛爭中覆滅的「帶袖的」殘黨行動。
在這之中，過去曾預言自護公國將進行殖民衛星墜落，並因此拯救無數生命的三名「奇蹟的孩子」的其中一人約拿・巴素達少尉，在羅商會的米雪兒・羅的指揮下參與「狩獵不死鳥」作戰。